食源性轮状病毒逆转录环介导等温PCR检测方法的建立及体系优化

 2023-08-01 06:08

论文总字数:16222字

摘 要

婴幼儿发生腹泻,主要是因为轮状病毒的出现,该病毒主要对小肠的上皮细胞进行感染,从而导致细胞发生受损,因而引起腹泻的症状。而且该病毒每年都在夏秋冬三个季节比较流行,以粪-口为途径,发生感染。严重的时候,甚至会导致致命性胃肠炎和脱水等症状的出现,对婴幼儿有着极大的危害。因此,对于轮状病毒的检测方法的建立与筛选就是一个重大的问题。

目前,通过对轮状病毒的研究,能够用于对该病毒进行检测的方法有电镜法、金标免疫层析法(GICA法)、聚丙烯酰胺凝胶电泳法(PAGE法)、分子马达生物传感技术等几种技术方法,但这些方法都有这一定的缺陷和局限性,对于轮状病毒的研究与检测以及预防有着一定的限制,无法得到广泛的实施与进行。

本次实验研究采用的是近年来新出现的一种核酸恒温扩增方法——环介导等温扩增法(loop-mediated isothermal amplification,简称LAMP),该检测方法简便、快捷有效、特异性较强,研究轮状病毒无需繁杂的步骤与实验器材,并且对该病毒的检测也进行了一定的简易优化。因此,本研究方法的出现能够为轮状病毒的研究提供了更为简单、有效的途径。

关键词:轮状病毒,环介导等温扩增,检测

Abstract:

The occurrence of diarrhea in infants and young children is mainly due to the appearance of rotavirus, which mainly infects epithelial cells of the small intestine, causing cell damage and thus causing symptoms of diarrhea. Moreover, the virus is prevalent every year in the summer, autumn and winter, and infection occurs through fecal-oral routes. In severe cases, it may even lead to the appearance of fatal gastroenteritis and dehydration, which is extremely harmful to infants and young children. Therefore, the establishment and screening of rotavirus detection methods is a major issue.

At present, through the research on rotavirus, the methods that can be used to detect the virus include electron microscopy, gold standard immunochromatography (GICA method), polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE method), and molecular motor biotechnology. Sensing technology and other technical methods, but these methods have certain limitations and limitations, there is a certain limit to the research and detection and prevention of rotavirus, can not be widely implemented and carried out.

In this experimental study, a newly discovered method of nucleic acid isothermal amplification (loop-mediated isothermal amplification, LAMP for short) has been used in recent experiments. The detection method is simple, rapid, effective, and specific. Strong, research on rotavirus does not require complicated procedures and experimental equipment, and the detection of this virus has also been easily optimized. Therefore, the emergence of this research method can provide a more simple and effective way for the research of rotavirus.

Keywords: rotavirus, cyclo-mediated isothermal amplification, detection.

目录

1 引言 4

1.1 轮状病毒的概述 4

1.2 轮状病毒检测技术的研究现状与进展 5

1.3 环介导等温扩增技术的研究进展 6

2 实验材料 8

2.1 病毒材料 8

2.2 主要试剂 9

2.3 实验仪器与设备 9

3 实验方法 9

3.1 轮状病毒RT-LAMP引物设计与合成 9

3.2 轮状病毒RNA的提取 9

3.3 病毒RNA浓度及纯度的测定 10

3.4 轮状病毒RNA的RT-LAMP反应体系的建立及优化 11

4 实验结果 12

4.1 RT-LAMP引物设计 12

4.2 病毒RNA提取结果 12

4.3 RT-LAMP反应体系的建立以及条件优化结果 12

4.3.1 反应温度的优化结果 12

4.3.2 外引物F3/B3与内引物FIP/BIP浓度比的优化结果 13

4.3.3 反应时间的优化结果 13

4.3.4 反应体系中Mg2 浓度优化结果 14

4.3.5 反应体系中甜菜碱浓度的优化 15

4.3.6 反应体系中dNTPs浓度的优化 15

讨 论 17

参考文献 19

致谢 21

1 引言

1.1 轮状病毒的概述

感染症状

在全球范围内,轮状病毒(Rotavirus,简称RV)是引起人与动物产生腹泻的主要的导致病状发生的微生物之一,与此同时,这也是引起婴幼儿腹泻甚至急性肠胃炎的主要原因[1, 2]。感染该病毒后,所产生的腹泻物也多呈现为黄绿色蛋花样稀水或着是白色米汤样,且有着非常刺鼻的味道。该病毒除了会感染肠道外,还可能会影响中枢神经系统、呼吸系统及其他系统的正常运作[3]。在每年的夏秋冬这三个季节,轮状病毒都会发生大规模的感染,以粪-口作为感染的传播途径,导致急性胃肠炎的发生或者具有渗透性的腹泻病症状的出现,更严重时甚至会脱水症状的出现。据报道,因为环境的差异,全球大约82%因为轮状病毒而引起的死亡症状几乎都发生在亚洲和非洲等这些经济比较落后的地方,而在英美等经济发达、环境优异的国家,轮状病毒感染引起的死亡率就大大降低了,但是较高的发病率依旧会让各国经济产生较大的损伤。

感染途径和过程

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